Padre Pavel nasce a Jamburg, un villaggio abitato da tedeschi, nel governatorato di Ekaterinoslav. Frequenta il seminario di Saratov e viene ordinato sacerdote l’8 settembre 1897. Dal 1901 esercita il ministero nella parrocchia di Semënovka; dal 1909 nella regione del Dagestan; dal 1914 è parroco a Simferopol’; dal 1928 parroco della chiesa della Dormizione della Vergine Maria a Dnepropetrovsk.
Qui padre Pavel viene arrestato il 3 febbraio 1933. È accusato di «appartenere ad una organizzazione controrivoluzionaria». Il 23 agosto 1934 padre Pavel è condannato a 10 anni di lager da scontarsi prima allo Svir’stroj (i campi a regime duro della regione di Leningrado, lungo le rive del fiume Svir’) e dal marzo 1936 nei lager per la costruzione del Canale Mar Baltico-Mar Bianco (Belbaltlag). All’inizio del 1937 è liberato prima dello scadere della pena, ma rimane nel lager come libero lavoratore, forse per continuare ad assistere i detenuti. Umanamente la scelta non ha una spiegazione, soprattutto nel tragico anno 1937.
Il 31 agosto 1937 padre Pavel Šubert viene arrestato in lager, il 20 settembre condannato alla pena capitale e il 20 novembre 1937 fucilato.