Padre Klimentij nasce il 22 novembre 1873 nel villaggio di Nej-Kolonija, nella zona del Volga. Frequenta il seminario di Saratov, nel 1897 viene ordinato sacerdote di rito latino e svolge il ministero nella regione del Volga.
Viene arrestato nel 1925, ma subito assolto. Il 2 febbraio 1930 è nuovamente arrestato nell’ambito dell’inchiesta collettiva del clero cattolico tedesco nella regione del Volga. Il 6 giugno 1931 è condannato a 3 anni di detenzione da scontare nella prigione politica di isolamento di Jaroslavl’. Nel 1934 è condannato a 5 anni di confino in Siberia. Qui viene arrestato il 19 febbraio 1938 per «aver partecipato a un’organizzazione insurrezionale controrivoluzionaria con l’intento di abbattere il governo sovietico».
Il 13 maggio 1938 padre Klimentij Šengajter è condannato alla pena capitale e il 1° agosto 1938 viene fucilato.