Dopo la liberazione dell’Ucraina Occidentale dall’occupazione tedesca e la riunione dell’Ucraina all’URSS, inizia la persecuzione aperta contro la chiesa greco cattolica e la sua liquidazione che si conclude con il falso concilio di Leopoli del 1946. Il potere locale comunista, sotto lo stretto controllo degli agenti della sicurezza, fa di tutto per convincere padre Jakov a passare alla Chiesa ortodossa del Patriarcato di Mosca. Lui rifiuta e di conseguenza viene arrestato, accusato di essere un nemico del popolo e condannata alla confisca di tutti i beni e al lager in Siberia.
Dopo lunghi anni passati nel lager, padre Jakov ritorna nell’Ucraina occidentale dove muore nel 1960.