Padre Ioann nasce a Stačkuni, governatorato di Kovno (oggi Kaunas). Terminati gli studi al seminario diocesano di Žytomir viene ordinato sacerdote nel 1894. Dal 1894 è vicario della cattedrale di S. Sofia a Žytomir, in seguito vicario di una delle parrocchie di Kiev. Nel giugno 1920, durante la guerra polacco-sovietica, si trasferisce in Polonia poi ritorna a Satanov. Nel 1923 è sotto inchiesta perché sospetto di spionaggio, ma dopo breve tempo è liberato. Il 2 gennaio 1930 viene arrestato assieme ad un gruppo di sacerdoti cattolici e condannato a 5 anni di lager. Nel dicembre dello stesso anno è rinchiuso nella prigione politica di particolare rigore di Jaroslavl. Il 26 settembre 1933 è scambiato con un prigioniero sovietico e quindi può partire per la Lituania.