Terminati gli studi teologici, padre Labukas viene ordinato sacerdote. E’ nominato parroco nella chiesa di Kajšiadorys in Lituania, dove rimane anche dopo l’unione con l’URSS e durante l’occupazione tedesca. Al ritorno dell’Armata Rossa e il ripristino del potere sovietico, padre Labukas viene arrestato nel 1946 assieme ad un gruppo di sacerdoti e laici cattolici (Processo “Mutuljanis”). Il 27 settembre 1947 è condannato a 5 anni di lager.