Padre Vladimir nasce a Vyborg, da famiglia nobile. Conclude gli studi presso l’Accademia teologica ortodossa di San Pietroburgo. Nel 1910 è ordinato sacerdote ortodosso. Nel 1913 viene confinato nel monastero delle Grotte di Kiev per le sue simpatie verso il cattolicesimo. Nel 1924 passa al cattolicesimo di rito orientale. Dal 1925 esercita il ministero nella chiesa cattolica di Brailov, presso Vinnica. Dal febbraio 1926 è vicario a Šarovka, governatorato di Cherson, e dall’agosto vicario della parrocchia di San Nicola a Cherson. Dal settembre 1926 è amministratore della diocesi cattolica di rito latino di Cherson.
Nel febbraio 1930 è arrestato ed accusato di aver ricevuto denaro dall’amministratore apostolico Avgustin Baumtrog, ma viene messo in libertà dopo breve tempo. Nel 1935 è nuovamente arrestato come «membro di un’associazione controrivoluzionaria». Il 21 febbraio 1936 è condannato dal tribunale di Odessa a 7 anni di lavoro correzionale.
Padre Vladimir Klepfer muore nella prigione di Odessa il 4 maggio 1936.