Terminati gli studi al seminario diocesano padre Jan è ordinato sacerdote. E’ di servizio nella parrocchia di Pšemysl e vi rimane anche durante l’occupazione sovietica e tedesca. Dopo il ritorno dell’Armata Rossa ed il ripristino del potere sovietico, padre Jan è arrestato nel 1950. Il 30 dicembre 1950 è condannato a 10 anni di lager che sconta a Karlag. E’ liberato il 21 ottobre 1955 e può tornare alla sua parrocchia.