Padre Jan è un sacerdote gesuita nato nel 1883 nel villaggio Antanasa (Lituania).
Durante l’occupazione tedesca della Seconda Guerra Mondiale riesce a salvare dalla morte molti ebrei, fra gli altri 190 bambini nascosti nei conventi e nelle parrocchie cattoliche. Dopo l’arrivo dell’esercito sovietico in Lituania, una delle prime preoccupazioni del comunismo è combattere la Chiesa. Anche padre Jan viene condannato alla confisca dei beni e al lager come “nemico del popolo”.
Dopo la liberazione dal lager per l’amnistia in seguito alla morte di Stalin, padre Jan non ritorna in patria, ma preferisce restare in Russia per assistere i deportati e i condannati al confino in un territorio vastissimo. Di questo suo lavoro missionario abbiamo la testimonianza del sacerdote Bukovinskij: “Padre Jan si distingueva come un missionario straordinario. Negli anni 1955–1958 il raggio del suo lavoro missionario comprendeva un territorio immenso. Lui operava dagli Urali fino al Nord-Est dell’Jacuzia. La sua missione in Jacuzia, dove si era fermato quasi per un anno, era di grande importanza perché tranne lui non vi era nessun sacerdote. Io ho potuto vederlo soltanto una volta, ma è bastato perché lasciasse su di me un’ottima impressione”.
Proprio per la sua opera missionaria, che era considerata propaganda antisovietica, padre Jan viene arrestato una seconda volta e condannato nuovamente al lager.
Padre Jan Paukštis muore nel lager presso Abez’.