Nacque nel 1873 a Nimenskij Pogost, un villaggio del governatorato di Olonec. Dopo gli studi teologici, nel 1895 prese i voti monastici e nel 1896 fu ordinato sacerdote ortodosso. Consacrato vescovo il 24 gennaio 1910, nel 1917 fu eletto metropolita di San Pietroburgo. Nel 1922, durante la campagna per l'esproprio dei vasi sacri, il metropolita assunse una posizione molto coraggiosa, dichiarando che la Chiesa era disposta ad offrire tutti i suoi beni, compresi i vasi sacri, per le vittime della carestia. Il 24 marzo 1922 sulla "Pravda" apparve la lettera di un gruppo di "innovatori" che accusavano il metropolita di essere un "controrivoluzionario". Il 28 marzo Veniamin li scomunicò, per aver assunto arbitrariamente la Direzione ecclesiastica esautorando il patriarca Tichon: il giorno dopo fu arrestato insieme ad altre 80 persone. Nella notte fra il 12 e il 13 agosto 1922 il metropolita Veniamin venne fucilato. E' stato canonizzato dalla Chiesa ortodossa russa il 4 aprile 1992.