Nato nel 1875 a Mosca, fino al 1922 fu rettore della cattedrale ortodossa della Madre di Dio di Smolensk, nel monastero di Novodevic'i a Mosca. Era molto amato dall'intelligencija, tanto da essere il padre spirituale di attori dei più famosi teatri della capitale. Fu arrestato una prima volta nella primavera del 1922, con l'accusa di essersi opposto alla consegna degli oggetti preziosi appartenenti alla Chiesa, e una seconda volta il 21 gennaio 1938 con l'accusa di spionaggio in favore dell'America, perché sul "New York Times" era apparsa una sua fotografia mentre passava nel cortile del monastero benedicendo i fedeli. La didascalia della foto diceva: "Il famoso padre Sergej Lebedev, uno dei pochi preti risparmiati dal bolscevismo". In realtà padre Sergej non sapeva niente né della foto né della pubblicazione. Fu condannato a morte e fucilato il 22 marzo 1938 a Butovo, nei pressi di Mosca.